项目实施的成功有赖于几个不同机构在多层次上的有效合作。合作伙伴将遍及海内外、国家与地方，以保证项目目标的实现。项目合作机制包括三个元素：1）中心协调功能；2）地方实施功能；3）技术和商业合作伙伴。

1）国家指导委员会将成为中央层面稳固合作与协同工作的媒介。主要合作伙伴将有：i) 科学技术部（MOST）：科技部负责制定并组织实施国家基础研究规划，开发并推广能源和交通领域的关键技术，包括研究开发中国的可持续能源系统；ii) 商业部中国国际经济技术交流中心(CICETE) 是 UNDP所有中国项目的对口单位； iii) 国家民族事务委员会 (SEAC)、国务院扶贫领导小组办公室(LGOPR)、国家发展与改革委员会西部开发办公室 (NDRC)、财政部和农业部 (MOA)将被邀请共同成立项目国家领导委员会。

2）地方实施功能

拥有全国网络的地方合作伙伴，特别是地方办事处如：农业局、科技局、统计局、妇联、非政府组织（NGO）与民间组织（CSO）对地方示范项目的总体执行非常重地方要。地方扶贫办公室（国务院扶贫领导小组办公室）将是项目整个实施过程中的合作伙伴，特别是当项目在地方上遇到障碍时。中国西部大部分扶贫工作由国家非政府组织和民间组织承担，他们已经积累了广泛的地方工作经验。非政府组织（NGO）与民间组织（CSO）将在社区层次、小项目的交付这些方面支持项目工作。

3）技术和商业合作伙伴

相关协会的支持与援助，如提供专家以及国际产业联系，对三个子项目的能源部分非常重要。项目也将寻求国际社会的合作以获取额外资源，如捐赠组织、海外相关政府项目、顾问与专门技术提供者。能源问题上的对口单位将是中国能源产业协会(CREIA)。由于化石燃料资源终将耗尽还有化石燃料的使用对环境的影响，生物质燃料引起世界范围的兴趣。生物质柴油子项目将联合采用欧洲技术与国际专家带来的技术。能源和药材作物方面的支持将从中国农业科学院(CAAS) 和农业大学的机构和专家那里获得。

私营企业将是项目成功的一个重要伙伴。私营企业、个人以及商业协会将在任何相关可能的地方提前介入，以支持基于社区的科技减贫行动和种植行动的商业贸易。